该实验室由马志明任学术委员会主任，杨新民任实验室主任。该实验室于2000年12月由重庆市教委批准建立并对外开放，2004年5月通过重庆市教委的验收。学术委员会由国内外运筹学与控制论领域著名专家学者12人组成。实验室现有固定研究人员23人（博士生导师3人，硕士生导师12人；教授11人，副教授8人；具有博士学位的12人，在读博士7人）。实验室主要研究方向：（1）数学规划理论与算法；（2）系统最优控制理论及应用；（3）复杂系统决策的理论与方法。实验室自成立以来，已获得中国青年科技奖一项、重庆市科技进步一等奖两项、二等奖两项、三等奖四项；实验室研究人员先后作为负责人承担了国家自然科学基金6项、国家社科基金1项，教育部“新世纪优秀人才支持计划”项目、教育部重点项目、教育部留学回国人员科研启动基金项目，教育部“优秀青年教师资助计划”项目，四川省跨世纪学科带头人培养基金项目和重庆市自然科学基金重点项目等省部级课题30多项；作为主研人员参加了国家973重点科技攻关项目、国家863高科技项目以及澳大利亚与中国合作项目和香港政府基金项目20余项；实验室研究人员先后发表学术论文300多篇（其中有近百篇论文被SCI收录），出版学术专著5部（其中由国际著名的Springer出版社出版英文专著一部）。目前实验室有在读博士研究生3名，硕士研究生40余名；已培养博士研究生1人、硕士研究生16人（两人毕业论文获重庆市优秀硕士论文）；实验室遵循“合作、开放、流动、提高”的原则，先后设立了10余项开放课题，邀请了20多名国内外著名专家学者来实验室合作研究或讲学访问。2000年以来，本实验室出国出境访问讲学或参加国际学术会议的人员共200余人(次)。2004年实验室联合香港理工大学、中国科学院数学与系统科学研究院和四川大学共同主办了第三届最优化与控制及其应用国际会议。2005年重庆师范大学以运筹学与控制论高校重点实验室为基础联合香港理工大学和香港中文大学的相关机构共同组建了渝港运筹学与系统工程中心。